Biserica Ortodoxă Română este singura Biserică din lume care a salutat oficial Declaraţia de Independenţă a Republicii Moldova din 27 august 1991, adresând la numai o oră după proclamarea măreţului act, un amplu mesaj de binecuvântare. Câteva zile mai târziu, în data de 11 septembrie 1992, Prea Fericitul Părinte Patriarh al Bisericii Ortodoxe Române Teoctist Arăpaşu le-a adresat tuturor întâistătătorilor Bisericilor ortodoxe, Bisericilor orientale, Bisericii romano-catolice, Bisericii vechi catolice, Bisericii anglicane şi conducerii organizaţiilor creştine internaţionale un Apel în favoarea recunoaşterii independenţei de stat a Republicii Moldova.
Marii lideri religioşi ai lumii erau rugaţi: „Ne adresăm Prea Fericirii (Sanctităţii, Eminenţei) Voastre, în numele principiilor Evangheliei şi al libertăţii popoarelor, ale comuniunii noastre frăţeşti şi ale drepturilor omului şi vă rugăm frăţeşte şi creştineşte să faceţi demersuri pe lângă Preşedintele, Guvernul şi Parlamentul ţării Dumneavoastră de a recunoaşte independenţa Republicii Moldova.” Acest Apel a găsit un larg ecou internaţional, la Patriarhia Română primindu-se mai multe scrisori de răspuns. Acţiuni concrete pentru recunoaşterea Republicii Moldova au întreprins Patriarhul Ierusalimului, care s-a adresat conducerii Israelului, Patriarhul suprem şi Catolicosul tuturor armenilor Vasken I, Mitropolitul primat al Marii Britanii. Cererea Patriarhiei Române pentru recunoaşterea independenţei Republicii Moldova a fost înmânată de şefii de culte creştine guvernelor următoarelor ţări: Cehia şi Slovacia, Iordania, Finlanda, Statele Unite ale Americii, Germania, Marea Britanie, Israel, Republica Armenia şi Norvegia.
Toţi şefii de culte care au răspuns Apelului Patriarhiei Române şi-au exprimat bucuria pentru proclamarea independenţei de stat a Republicii Moldova, solidaritatea cu Moldova, cu poporul român de pretutindeni şi cu Biserica Ortodoxă Română. De asemenea, şefii cultelor religioase din lume au ţinut să arate că „poporul Moldovei a suferit ca şi celelalte popoare din fosta URSS” şi că „în virtutea învăţăturii creştine suntem obligaţi să sprijinim lupta popoarelor pentru autodeterminare şi libertate”.
Singurul răspuns în răspăr a venit din partea Patriarhiei Moscovei, care, speriată de proclamarea independenţei de stat a Republicii Moldova, se neliniştea şi căuta să asigure perpetuarea URSS cel puţin sub aspect bisericesc. În răspunsul său, Patriarhia Moscovei a opinat că „destrămarea URSS nu trebuie să fie cauza divizării Bisericii” şi că „apariţia pe hartă a noilor graniţe nu constituie un motiv pentru modificarea teritoriului canonic al Patriarhiei Moscovei”.